Next-Generation Sequencing

• ST ermöglicht die Erstellung von Einzelzellprofilen an historischen Proben wie formalinfixierten, paraffineingebetteten (FFPE) oder kryokonservierten (FF) Gewebe
• ST liefert einen räumlichen Kontext für die Genexpression und klärt die zelluläre Mikroumgebung und Zell-Zell-Interaktionen auf

Anwendungsbeispiel:

• Die räumliche Lokalisierung von Immunzellen im Gewebe kann aus prognostischer Sicht entscheidende Informationen liefern.
  • Untersuchung des Ansprechens auf eine Krebsimmuntherapie (Braun et al. *):
  • Vergleich der räumlichen Transkriptomprofile von Patienten im Behandlungs- und Kontrollarm, sowie von Patienten, die gut bzw. schlecht auf Therapien ansprechen,
  • Parallele molekulare und bildgebende Charakterisierung von Tumor, tumorinfiltrierenden Immunzellen und Tumormikroumgebung

Verfügbare Assays:

• Visium HD Spatial Gene Expression (FFPE- und Kryogewebe)
• Visium Spatial Gene Expression (FFPE- und Kryogewebe)

* Braun T, Rade M, Merz M, et al. Multiomic profiling of T cell lymphoma after therapy with anti-BCMA CAR T cells and GPRC5D-directed bispecific antibody. Nat Med. 2025 Apr;31(4):1145-1153. doi: 10.1038/s41591-025-03499-9

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