Sequenzierung

Die Angebote der Arbeitsgruppe Next-Generation Diagnostics umfassen eine gemeinsame experimentelle Planung des individuellen Sequenziervorhabens, die Isolation und Qualitätskontrolle der Ausgangsproben (i.d.R. DNA oder RNA) sowie die Probenvorbereitung und die Durchführung der eigentlichen Sequenzierung. Viele Standardmethoden sind in unserem Labor validiert und werden SOP basiert durchgeführt. Gern setzen wir mit Ihnen aber auch individuell angepasste oder neue Protokolle um.

Des Weiteren besteht die Möglichkeit unsere Sequenzierkapazitäten für von Ihnen selbst erstellte Sequenzierlibraries zu nutzen.

Bei Bedarf können die Sequenzierrohdaten über eine etablierte Schnittstelle direkt an die Arbeitsgruppe Bioinformatik übergeben und dort hinsichtlich individueller Fragestellungen ausgewertet werden.

Unser Angebot für präklinische und klinische Anwendungen

Klassische NGS-Methoden

• Vollständige Transkriptomsequenzierung (mRNA, totalRNA): Erstellung von Genexpressionsprofilen für biologische und/oder medizinische Fragestellungen (z.B. Krebserkrankungen, seltene Syndrome) sowie translationale Forschung
• Amplikon-basierte Sequenzierung: Sequenzierung ausgewählter genomischer Regionen für die Präzisionsonkologie sowie Testung auf Erbkrankheiten
• Genomsequenzierung / Exomsequenzierung: Genomprofilierung für Studien zu Krebserkrankungen sowie translationale Forschung
• Sequenzierung kleiner Genome: Gezielte oder vollständige Sequenzierung von Genomen mit geringer Komplexität (wie Bakterien, Viren oder Phagen)

Fortgeschrittene NGS-Methoden

• Einzelzellsequenzierung und Multiomics: Transkriptomprofile und parallele Detektion von Oberflächenproteinen einzelner Zellen. Beispielsweise zur Funktionskontrolle therapeutischer CARs (z.B. CAR-T-Zellen, CAR-NK-Zellen) und zum Monitoring des Therapieerfolges in Patienten.
• Räumliche Sequenzierung (spatial transciptomics): Räumlich aufgelöste Genexpressionsprofile in Geweben nahe der Einzelzellauflösung, beispielsweise für eine parallele molekulare und bildgebende Charakterisierung von Tumor, tumorinfiltrierenden Immunzellen und Tumormikroumgebung

Zur Kontrolle von Quantität, Qualität und Integrität von RNA- und DNA-Proben, welche aus verschiedensten Ausgangsmaterialien isoliert werden können, stehen folgende Geräte zur Verfügung

• DeNovix
• Qubit
• NanoDrop
• BioAnalyzer
• Thermocycler

Zur Durchführung von Next-Generation Sequenzierungen stehen drei verschiedene Geräte zur Verfügung. Diese erlauben je nach experimentellen Anforderungen eine flexible Probenanzahl, sowie einen skalierbaren Datenoutput.

• NextSeq 2000, Illumina
  Einsatzgebiet: Sequenzierung humaner Genome und Transkriptome sowie Einzelzellsequenzierung

• MiSeq, Illumina 
  Einsatzgebiet: für Sequenzierung kleinerer Genome (z.B. Bakterien, Viren) und amplikon-basierte Sequenzierung

• MinION, Oxford Nanopore Technologies 
  Einsatzgebiet: Sequenzierung langer DNA-Fragmente z. B. für schnelle Erregerdiagnostik

Geräte zur Vorbereitung von Einzelzellsequenzierungen

• 10x Chromium Controller
  Einsatzgebiet: mikrofluidische Vereinzelung und molekulares Barcoding von Zellen

• LUNA Automated Cell Counter
  Einsatzgebiet: automatische Bestimmung von Zellzahlen (lebend vs. tod)

Unsere Arbeitsabläufe unterliegen einem zertifizierten Qualitätsmanagement nach ISO 9001.