RIBOLUTION Biomarker Center

Das RIBOLUTION Biomarker Center wurde 2016 gegründet und ging aus der erfolgreichen Kooperation von fünf Fraunhofer-Instituten und weiteren klinischen Partnern innerhalb des Stiftungsprojekts RIBOLUTION hervor. Nach dem Abschluss des Projekts wurden die Forschungs- und Auftragsarbeiten im Bereich molekulardiagnostischer Analytik und der bioinformatischen Auswertung unter einem Qualitätsmanagement nach DIN EN ISO 9001:2015 etabliert.

Der Geltungsbereich des Zertifikats umfasst »Forschung und Auftragsarbeiten im Bereich molekulardiagnostischer Analytik und ihrer bioinformatischen Auswertung, mit Schwerpunkt auf personalisierter Medizin, sowie Optimierung und Entwicklung moderner Prozesse und Anwendungen für die Molekulardiagnostik inklusive Next-Generation Sequenzierung.« Mit dem durch die Zertifizierung begutachteten Qualitätsmanagementsystem am Biomarker Center wird sichergestellt, dass interne Abläufe, die Qualität der Dienstleistungen sowie die Beziehungen zu Partnern und Kunden nach einem messbaren System erfolgen. Durch das QM-System werden Prozesse exakt abgebildet, deren Effizienz gesteigert und die Fehleranfälligkeit minimiert.

Ein zentraler Aspekt am Biomarker Center ist die Prozessvalidierung. Durch einen dokumentierten Prozess kann jederzeit gezeigt werden, dass dieser den Anforderungen an die angebotene Dienstleistung entspricht und zuverlässige nachvollziehbare Ergebnisse liefert. Dies ermöglicht es, gemeinsam mit unseren Partnern aus Industrie, Kliniken und Forschungseinrichtungen, wettbewerbsfähige Forschungs- und Entwicklungsprojekte voranzutreiben.

Unser Schwerpunkt: Transkriptom und Genomanalysen inkl. bioinformatische Auswertung bis hin zur Prototpypentwicklung für lab-developed tests (LDT) und In-Vitro-Diagnostika (IVD).

Im Biomarker Center werden neue diagnostische oder prognostische Biomarker mit Hilfe modernster Techniken inklusive Next-Generation-Sequencing (NGS) systematisch und umfassend identifiziert und bestätigt. Kompetenzen in Studien- und Datenmanagement dienen der Planung und Durchführung klinischer Kohorten und der Verwaltung klinischer und experimenteller Daten. Zusätzlich wird der Prozess des Biomarker-Screenings mit Hilfe technischer Innovationen optimiert.

Klinische Kohorten

• Studiendesign für den Biomarker Screeeningsprozess
• Unterstützung durch ein Netzwerk klinischer Partner (z.B. in den Bereichen Onkologie und Immunonkologie)
• Probenmanagement
• Experimentelles Design

RNA Biomarker Screening

Biomarker-Identifizierung

• Umfassendes RNA-Biomarker-Screening-Verfahren
• Sequenzierung aus vielen Quellen inkl. Gewebe, Blut, Plasma, Urin und Exosomen
• Sequenzierung von Low-Input und schwierigen Proben (z.B. FFPE-Gewebe, Biopsien)

Biomarker Validierung

• Standardisierte Probenvorbereitung und Qualitätskontrollen
• Validierung und Assay-Entwicklung durch PCR-Methoden

Next- and 3rd-Generation Sequencing

• Whole transcriptome & mRNA sequencing
• Whole genome sequencing
• Microbiome (16SrDNA)
• Nanopore sequencing (MinION)
• Single Cell Sequencing
• Spatial Sequencing

Bioinformatik

Data Science for RNASeq

• Sequenzierdatenanalyse auf dem neuesten Stand der Technik
• Automatisierte Pipeline für Sequenzdaten-Mapping, Assemblierung und Analyse
• Maschinelles Lernen für hochdimensionale Expressionsdaten

Computergestützte Biologie

• Integration von Omic-weiten Datenquellen (z.B. TCGA)
• RNA-Biomarker (lncRNAs, circRNAs, Einzelzellanalyse)
• Mikrobiomik

Statistical Learning

• Multivariate Regression models
• Survival analysis
• Differential expression analysis
• Meta-Analyse

Software-Entwicklung für IVD Prototypen

• Software-Anforderungsspezifikation
• Prozesse für SW-Entwicklung, SW-Wartung, Problemlösung, SW-Risikomanagement und SW-Konfigurationsmanagement

Technik / Geräte

• High-performance computing cluster
• NextSeq 2000 und MiSeq (Illumina)
• MinION (Oxford Nanopore)
• Chromium Controller (10X Genomics) 
  

• State-of-the-Art analysis tools
• Schneller Datentransfer
• Schnelle und direkte Kommunikation durch eine Ansprechperson
• Durchgeehende Qualitätskontrolle unter DIN EN ISO 9001 Standard

Wir sind ein Team aus Biowissenschaftler*innen und Bioinformatiker*innen, dass Ihnen eine durchgängige Unterstützung in allen Phasen von Sequenzierexperimenten bietet: Vom experimentellen Design bis zur abschließenden Analyse!

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