RIBOLUTION Biomarker Center

Wir bieten Forschungs- und Auftragsarbeiten im Bereich molekulardiagnostischer Analytik und ihrer bioinformatischen Auswertung, mit dem Schwerpunkt auf personalisierter Medizin an. Dies umfasst die Optimierung und Entwicklung moderner Prozesse und Anwendungen für die Molekulardiagnostik inklusive Next-Generation Sequenzierung.

Biomarkerentwicklung und patient*innenorientierte Komplementärdiagnostik

Wir sind ihr Partner für:

  • die Entwicklung von Algorithmen und Klassifizierungsmodellen für die In-vitro-Diagnostik.
  • die Gewinnung detaillierter Einblicke in die Wirkungs- und Resistenzmechanismen neuartiger Medikamente, wie zum Beispiel Gen- und Zelltherapien, durch die Nutzung der Einzelzellanalytik.
  • die begleitende Auswertung von Behandlungsergebnissen für klinische Studien unter Verwendung von omics-weiten und multimodalen Messungen.
  • die Umsetzung der resultierenden Biomarker-Signatur als Software-Prototyp für medizinische Geräte (zum Beispiel als Software für In-vitro-Diagnostik).

Unser Angebot für präklinische und klinische Anwendungen

Klassische NGS-Methoden

  • Vollständige Transkriptomsequenzierung (mRNA, totalRNA): Erstellung von Genexpressionsprofilen für biologische und / oder medizinische Fragestellungen (zum Beispiel Krebserkrankungen, seltene Syndrome) sowie translationale Forschung
  • Amplikon-basierte Sequenzierung: Sequenzierung ausgewählter genomischer Regionen für die Präzisionsonkologie sowie Testung auf Erbkrankheiten
  • Genomsequenzierung / Exomsequenzierung: Genomprofilierung für Studien zu Krebserkrankungen sowie translationale Forschung
  • Sequenzierung kleiner Genome: Gezielte oder vollständige Sequenzierung von Genomen mit geringer Komplexität (wie Bakterien, Viren oder Phagen)

Fortgeschrittene NGS-Methoden

  • Einzelzellsequenzierung und Multiomics: Transkriptomprofile und parallele Detektion von Oberflächenproteinen einzelner Zellen. Beispielsweise zur Funktionskontrolle therapeutischer CARs (zum Beispiel CAR-T-Zellen, CAR-NK-Zellen) und zum Monitoring des Therapieerfolges in Patient*innen.
  • Räumliche Sequenzierung (spatial transciptomics): Räumlich aufgelöste Genexpressionsprofile in Geweben nahe der Einzelzellauflösung, beispielsweise für eine parallele molekulare und bildgebende Charakterisierung von Tumor, tumorinfiltrierenden Immunzellen und Tumormikroumgebung

Medizinische Biofinformatik

  • Maschinelles Lernen & Multi-Omics: Maschinelles Lernen und KI für Deep Molecular Data; multimodale Datenauswertung; Statistisches Lernen; Integrative Bioinformatik; Pipeline-Entwicklung; Power-Analyse
  • Softwarekomponenten für IVDs: Entwicklung von Algorithmen und Software-Komponenten für medizinische Geräte insbesondere In-vitro-Diagnostika (IVDs) und im Labor entwickelte Tests (LDTs – Lab Developed Tests)

Qualitätssicherung

  • ISO 9001 zertifiziertes Qualitätsmanagement System
  • NGS und Bioinformatik gemäß etablierter SOPs
  • Softwareentwicklung für medizinische Geräte und In-vitro-Diagnostika nach IEC 62304, ISO 14971
  • DSGVO-konforme Datenverarbeitung

Technische Ausstattung

  • NextSeq 2000, Illumina
  • MiSeq, Illumina
  • MinION, Oxford Nanopore Technologies
  • 10x Chromium Controller
  • LUNA Automated Cell Counter
  • High Performance Computing Cluster
  • Weitere fortschrittliche Technologien sind verfügbar

Leitung

Kristin Reiche

Contact Press / Media

Dr. Kristin Reiche

Leiterin RIBOLUTION Biomarker Center, Arbeitsgruppenleiterin Bioinformatik

Fraunhofer-Institut für Zelltherapie und Immunologie
Perlickstraße 1
04103 Leipzig

Telefon +49 341 35536-5223

Conny Blumert

Contact Press / Media

Dr. Conny Blumert

Arbeitsgruppenleitung Next-Generation Diagnostics

Fraunhofer-Institut für Zelltherapie und Immunologie
Perlickstraße 1
04103 Leipzig

Telefon +49 341 35536-3301

Scientific Advisor

Prof. Dr. Friedemann Horn

Unsere Kooperationspartner (Auswahl)

  • Scads.AI
  • ecSeq
  • SECAI
  • Universitätsklinikum Leipzig

Aktuelle Projektbeispiele

 

imSAVAR

New models for assessing pre-clinical safety of immunomodulatory therapies

 

T2EVOLVE

Accelerate development and increase access of cancer patients to immunotherapy with engineered T cells

 

SaxoCOV

Sachsenweite Corona-Feldstudie und Begleitforschung

 

Fraunhofer CIMD

Frühdiagnostik subklinischer Arthritis

 

PIONEER

Verbesserung von Diagnose und Behandlung bei Prostatakrebs durch Big Data Analysen

 

RiboTrend

Entwicklung eines neuartigen Klassifikators zur Prognose von aggressiven Krankheitsverläufen beim Prostatakarzinom in Nadelbiopsien