Analysestrategien

Analysemethoden für die Biomarker-Validierung und Testentwicklung

Ein besonderer Fokus der Arbeitsgruppe liegt auf der fortwährenden Etablierung neuer und der Anpassung vorhandener Analysemethoden für spezielle Fragestellungen der Biomarkervalidierung. Dabei kommen hauptsächlich Next-Generation Sequencing, Microarray-Analysen sowie PCR-basierte Verfahren zum Einsatz. Zudem werden Lösungen für die Entwicklung vermarktbarer Testsysteme entwickelt. Dies geschieht in enger Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe RNA-Biomarker, um die Anforderungen für die jeweiligen Biomarkergruppen genau zu definieren.

Next-Generation Sequencing

In der Arbeitsgruppe Analysestrategien stehen mit dem Hochdurchsatz-Sequenzierer HiSequ 2500 sowie dem MiSequ zwei Sequenzierplattformen der Firma Illumina zur Verfügung. Diese finden in einem breiten Methodenspektrum Anwendung. Neben der Durchführung von genom- und transkriptomweiten Sequenzierungen liegt der Fokus auf der Etablierung und Weiterentwicklung spezieller Sequenzierprotokolle, beispielsweise für DNA- / RNA-Capture-Sequenzierung, Amplikon-Sequenzierung, Identifizierung von SNPs und Mutationen sowie für die Charakterisierung kleiner Genome. Die hervoragende Anbindung an die Arbeitsgruppe Bioinformatik ermöglicht anschließend eine hochqualitaive Auswertung dieser Sequenzierdaten.

Microarray-Analysen

Für die hochparallelisierte Durchführung von Genexpressionsanalysen steht eine Microarray-Strecke der Firma Agilent zur Verfügung. Neben den von Agilent angeboten Micorarrays für mRNA-, Exon-, miRNA- und ncRNA-Analysen, können in Zusammenarbeit mit der Arbeitsgruppe Bioinformatik benutzerdefinierte Microarrays für spezielle Fragestellungen designt werden.

Interaktionsstudien

In der Arbeitsgruppe Analysestrategien wurde ein umfangreiches Methodenspektrum aufgebaut, um Einblicke in das zelluläre Interaktom zu bekommen. Für Protein-Protein-Interaktionsstudien wurde die SILAC-Methode erfolgreich eingesetzt. Des Weiteren wurden Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) und RNA-Immunpräzipitation (RIP) für die Untersuchung der Wechselwirkungen von Proteinen mit der DNA bzw. der RNA durchgerührt. Für die Identifizierung von RNA-Bindungspartnern auf RNA-, DNA- und Proteinebene existieren ebenfalls etablierte Protokolle, die derzeit insbesondere für die Suche neuer ncRNA-Bindungspartner verwendet werden.