RNA-Biomarker

Hierfür stehen fest etablierte Standard Operating Procedures für Next-generation Sequencing (NGS) von kurzen (microRNAs u.a.) und langen RNAs (mRNAs, long noncoding RNAs), als auch Microarray-Analysen zur Verfügung.

Die Validierung identifizierter Marker ist ebenfalls fest etabliert und wird durch analytische qRT-PCR realisiert. Ferner wird in Kooperation mit dem Fraunhofer IPA eine vollautomatisierte Anlage für Hochdurchsatz-qRT-PCR mit integriertem Nanodosiersystem (I-DOT) für die Biomarker-Validierung entwickelt.

In der Arbeitsgruppe RNA-Biomarker werden Sequenzierprotokolle für lange, als auch kurze RNAs aus diversem Patientenmaterial standardisiert durchgeführt unter Nutzung von Illumina Sequenziersystemen (MiSeq; Ultra-High-Throughput Sequencing System HiSeq 2500).

Neben der Transkriptomsequenzierung werden zudem DNA-Capture-Sequenzierungen und DNA-Amplicon-Sequenzierungen durchgeführt. Die vorhandene Infrastruktur erlaubt, über die erwähnten Techniken hinaus, ein extrem breites Spektrum möglicher Anwendungen und Studiengrößen.