Das Fraunhofer IZI verfügt derzeit über insgesamt mehr als 3.500 m² Laborfläche. Die modernen Labore des Hauptgebäudes gliedern sich in sieben Cluster, von denen jedes, neben einer Standardausstattung, über verschiedene Schwerpunkte verfügt. Neben zellbiologisch, molekularbiologisch und biochemisch ausgerichteten Laboreinheiten verfügt das Institut über eine umfangreiche Immunhistochemie, ein Isotopenlabor und ein Qualitätskontrolllabor mit qualifizierten Analysegeräten. Im ersten Erweiterungsbau befinden sich neben weiteren Laborflächen ein experimentalmedizinischer Bereich für Klein- und Großtiermodelle und umfangreiche bildgebende Technologien (z.B. Kleintier-MRT). Sämtliche Labore des Fraunhofer IZI sind S2-zertifiziert und damit zur Durchführung von gentechnischen und infektionsbiologischen Arbeiten geeignet.

Das Institut unterhält zwei Reinraumanlagen zur GMP-konformen Herstellung biopharmazeutischen Produkten für frühe klinische Studien. Der insgesamt 900 m² umfassende GMP Bereich ist in verschiedene Suiten unterteilt in deren Reinräumen Arbeiten unter der Reinheitsklasse A durchgeführt werden können. Die Suiten sind mit unterschiedlichen Geräten ausgestattet um verschiedensten Aufgabenstellungen gerecht zu werden.

Zellbiologisch

• Bioreaktoren (z.T. automatisiert)
• Durchflusszytometrie
• Zellsortierung (z.B. FACS, Hochgeschwindigkeit)

Molekularbiologisch

• Affinitätsmessung (Biacore)
• Automatisiert optimierte Proteintrennungen (ÄKTA avant)
• Expressionsanalyse System
• Hochdruck-Flüssigkeits-Chromatographie (HPLC)
• Massenspektronomie
• Microarray Scanner und Hybridisierstationen
• PCR und Elektrophoresepark (u.a. real-time PCR)
• Proteomanalytik
• Reportergenmessung (Luminometer)

Bildgebung

• 7-Tesla-Kleintier-Magnetresonanztomographie
• Biolumineszenzbildgebung
• C-Bogen-Röntgengerät
• Fluoreszenz- / Konfokalmikroskopie
• Immunhistochemie / Histologie

Sonstige

• Bioinformatik
• BioTechFlow-System (Simulation von Gefäßströmen)
• DQ / IQ / OQ-qualifizierte Geräte für die Herstellung von Zelltherapeutika und therapeutischen Antikörpern sowie zur Qualitätskontrolle
• Großtier-OP
• In-vivo-Elektroporation
• Kryopreservationstechnologie
• Mikrochirurgisches Instrumentarium